陕西水环境设计院下设行政管理部、市场研发部、生产技术部、财务审计部、规划咨询分院、生态环境分院、水利水电分院、勘测科技公司、迪飞科技公司9个部门。勘测科技公司专门设有陕西省防汛抢险救生船队。
  2002年成立了长安大学国土资源学院研究生培养基地，2007年成立西安理工大学水利工程硕士研究生培养基地。